La sorpresa la dio Independiente de Cauquenes al vencer a Santiago Morning en la definición por penales.
Para la segunda fase se integrarán los equipos de la Primera División, teniendo estos la ventaja de jugar las revanchas como locales.
La conformación de los cruces mantendrán los criterios establecidos por la ANFP, que deberá anunciar, acorde criterios geográficos y de seguridad, cuáles serán las llaves de esta fase.
Los ganadores de la segunda etapa del certamen avanzarán a octavos de final. En esta instancia, se realizará un sorteo para definir el cuadro de desarrollo que establecerá los emparejamientos definidos hasta la final. Al igual que en las dos primeras etapas, los encuentros en las etapas finales serán de ida y vuelta.

El ganador de la copa obtendrá un cupo a la Conmebol Libertadores 2019 como Chile 4. Además, la escuadra triunfadora estará en la final de la Súper Copa ante el campeón del Campeonato Scotiabank de Primera División 2018.

Los 16 clasificados a continuación:

– San Marcos de Arica
– Cobreloa
– Deportes Copiapó
– Cobresal
– La Serena
– Coquimbo Unido
– Santiago Wanderers
– Magallanes
– General Velásquez
– Barnechea
– Colchagua
– Independiente de Cauquenes
– Ñublense
– Rangers
– Deportes Valdivia
– Puerto Montt

Y los 16 equipos de Primera División que se integrarán en la segunda fase:

– Deportes Antofagasta
– Deportes Iquique
– Unión La Calera
– San Luis de Quillota
– Everton
– Audax Italiano
– Colo Colo
– Palestino
– Universidad Católica
– Universidad de Chile
– Unión Española
– O’Higgins
– Curicó Unido
– Universidad de Concepción
– Huachipato
– Deportes Temuco